未来纳米材料:进化与计算的结晶(2)
来源:邪恶姐时间:2017-08-30
关键的创新是将设计框架反过来,更有效地利用CCM推演模型的信息,与遗传算法相结合,这样就得到 一个高效而且可升级的最优化设计程序。温卡塔萨布拉曼尼亚说:“遗传算法是自然如何设计复杂的分 子和生物,本质上,我们是让DNA拼接参数‘基因库’朝向我们想要的结构演化发展——也就是‘最适 合的’。”
检验过程中的意外发现
对方法的实验检验是另一个挑战。哥伦比亚大学萨那特·库玛说:“我们决定先预测那些实验中已经观 察到的纳米晶体结构,测试一下方法框架;下一步,我们创造了一个晶体结构库,包括那些已通过实验获得的晶体——具有特定的相关实验参数,如DNA纳米粒子中的DNA连接比例、大小等。然后我们运行基因算法,用CCM作为推演模型,以得到实验中观察到的晶体结构。我们很高兴,遗传算法正确地预测出 了实验参数,用这些参数就能造出我们观察到的结构。”
“初步实验研究显示,改良模型与实验结果吻合得更好。”论文第一作者芭比·斯里尼瓦桑说,“最近 我们进行了一次全面分析,利用开发的模型,能确定所有230种不同的晶体空间集合,这些能与遗传算 法一起用于晶体晶格设计。”
模型还产生了意外的结果,他们的发现解释了4种最近未能观察到的结构。“在由‘无机晶体结构数据 库(ICSD)’生成的晶格库中,我们能识别出一些参数,这些参数能形成那些实验室里曾观察到的晶体 结构,还可能形成了不曾观察到的4种新结构。”斯里尼瓦桑说,“这些结果在设计DNA拼接纳米材料方 面起着关键作用。”这一框架是普遍性的,可以扩展用于先进材料合理设计,但它又与分子动态模型不 同,推演路径模型在计算上是高效的。“我们加强了CCM法,这有可能帮我们穷尽整个晶体空间,找到 合适的设计结构。”
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